Avec l’extinction des hérésies, l’Inquisition perd peu à peu sa raison d’être. A la fin du 13^ème siècle, la monarchie et la puissance publique s’affirment. L’Etat reprend en main l’ensemble du système judiciaire. Les tribunaux royaux montent en puissance. L’Inquisition existe toujours mais elle est de plus en plus contrôlée par le pouvoir séculier comme on le voit au moment du procès des Templiers en 1310. Le procès suit bien la procédure inquisitoriale, mais c’est Philippe IV le Bel qui en a l’initiative et qui le dirige en sous main pour des raisons politiques et non religieuses.

Le schisme catholique et la multiplication des papes entre 1378 et 1417 retirent encore plus de crédibilité et de pouvoir à l’Inquisition. L’Inquisition médiévale tardive n’est plus indépendante. Les inquisiteurs sont des instruments au service d’autres institutions, notamment des universités ou à la botte des milieux d’influence. C’est le cas en 1430, lors du procès de Jeanne d’Arc, où l’Inquisition est manipulée par le parti bourguignon et les Anglais qui y voient un moyen de gagner la guerre de Cent Ans.

Un autre exemple flagrant de l’Inquisition dévoyée est le célèbre procès de Galilée. Celui-ci a lieu en 1633, soit en plein 17^ème siècle ! L’Inquisition n’est alors plus du tout à la main de l’Eglise, mais à celle du pouvoir temporel qui nomme évêques et abbés depuis le Concordat entre François 1^er et Léon 10. La France va connaitre 400 ans d’Eglise d’Etat. C’est donc bien la monarchie qui a condamné Galilée.

Dans le même ordre d’idée, on retrouve les traces des premiers procès en sorcellerie…au 14^ème siècle seulement, dans la région toulousaine, donc assez tardivement. Ils deviendront habituels au 16^ème siècle avec l’intérêt grandissant pour la sorcellerie. La réponse d’une Eglise ‘libre’’ aurait été l’évangélisation. Mais au 16^ème siècle, l’Eglise d’Etat française ne s’appartient plus, elle est un instrument et la répression seule lui est dictée. Il faut dire qu’il est bien tentant, pour se débarrasser d’un ennemi, de lui faire un ‘’bon’’ procès en sorcellerie. Les gens d’influence, qui ne s’y tromperont pas, useront et abuseront de ce stratagème. Là encore, c’est le pouvoir temporel qui a le sang des sorcières sur les mains.